Kuvio: Kurssin ohjelmistoympäristö

Ylläolevassa kuvassa on kuvattu ohjelmistoympäristön kaksi eri vaihtoehtoa: 1) ohjelmat CSC:n serverillä, 2) ohjelmat omalla koneella.

Kurssimateriaalien “forkkaaminen” Gitlabissa

Tehdään vain ensimmäisellä kerralla!
  • 1 Siirry osoitteesee: https://gitlab.com/utur2016/content ja klikkaa ruudun keskeltä Fork
  • 2 Valitse oma profiilisi, klikkaa Fork ja odota hetki
  • 3 Valitse oikealta hammasratas-ikoni ja sen alta Members
  • 4 kirjoita People-kenttään muuankarski ja valitse Markus Kainu ja anna hänelle developer-oikeudet!


Katso video

1 Uuden luennon tai kotitehtäväsession alussa

CSC:n Rstudio-istunnot kestävät kerrallaan aina neljä tuntia, jonka jälkeen istunto katoaa. Säilytämme omat koodimme gitlab:ssa, mutta jokaisen luennon ja kotitehtäväkerran aluksi joudumme yhdistämään/parittamaan uuden r-session ja gitlab:n.

  1. Avaa uusi ikkuna/välilehti ja kirjaudu haka-tunnuksilla CSC:n Pouta Blueprints-palveluun https://pb.csc.fi/#/
  2. Valitse oikealta otsikon RStudio Server alta Launch new

2 Rstudion & gitlab:n määritykset

Tehdään aina kun avataan uusi sessio CSC:n palvelimella

2.1 gitin konffaaminen Rstudiossa

Avaa uusi R-skripti ja kopioi alla oleva koodi siihen

# Vaihda skriptiin omat tietosi!
system('git config --global user.name "Etunimi Sukunimi"')
system('git config --global user.email "utu_tunnus@utu.fi"')

Luo rsa-avain valitsemalla Tools -> Global Options -> Git/SVN -> Create RSA Key (Ei tarvita salasanaa tällä kurssilla!)

Klikkaa View public key ja kopioi se leikepöydälle (Ctrl+c)

2.2 Gitlabin konffaaminen

Siirry selaimella gitlabiin ja

session ssh-avaimen lisääminen

  1. klikkaa oikealta profile settings -> SSH keys.
  2. Kopioi isompaan ruutuun julkinen ssh-avain (Ctrl+v), hyväksy oletusotsikko ja klikkaa Add key

2.3 Rstudion konffaaminen

  1. Siirry omaan projektiisi https://gitlab.com/utu_tunnus/content
  2. Kopioi uuden projektin ssh-osoite ruudun keskeltä joka muotoa: git@gitlab.com:utu_tunnus/content.git ja siirry takaisin Rstudioon
  3. Klikkaa oikealta Project: (None) ja valitse New Project -> Version Control -> Git ja annan kenttään repository URL ssh-osoite ja klikkaa Create Project
  4. Rstudio lataa gitlab-projektista tiedostot Rstudio-projektiin ja voit aloittaa R:n käytön!
  5. Asenna istunnon aluksi aina uusin versio tidyverse-paketeista komennolla install.packages("tidyverse")

3 Kurssimateriaaliin tulleiden muutosten päivittäminen

Kurssin materiaalien sisältö muuttuu koko ajan. Kotitehtävien sisältö EI muutu enää kun kotitehtävä on julkaistu. Saadaksesi uusimmat päivitykset ennen kun aloitat kotitehtävän tekemisen tai luennon alussa avaa aja Rstudiossa seuraavat komennot:

system("git remote add upstream git@gitlab.com:utur2016/content.git") # lisää alkuperäinen upstreamiksi
system("git fetch upstream") # vedä muutokset alkuperäisestä koneellesi upstream/master
# JOS et ole tehnyt TULEVIIN luentoihin/kotitehtäviin muutoksia niin aja
system("git reset --hard") # poista mahdolliset ei-committatut muutokset
system("git merge upstream/master") # yhdistä upstreamista vedetyt muutokset nykyiseen master-branchiin
# JOS taas olet tehnyt muutoksia, niin aja
system("git rebase upstream/master")

Mikäli tuntuu siltä että olet sotkenut alkuperäisen materiaalin kokonaan ja haluaisit aloittaa ns. puhtaalta pöydältä voi menetellä seuraavien ohjeiden mukaan, jossa siis a) varmuuskopioidaan projektin tämänhetkinen tila uuteen haaraan (branch) ja b) resetoidaan projektin master-haara identtiseksi upstreamin eli utur2016/content-projektin kanssa.

system('git commit -am "committaan vanhat sotkut varmuuden vuoksi"') # nykyisten muutosten committaus
system("git branch vanha_master") # nykyinen projektin haaraan vanha_master
system("git checkout vanha_master") # Vaihdetaan tähän uuteen haaraan
system("git push origin vanha_master") # siirretään se gitlabiin turvaan varmuuden vuoksi
system("git remote add upstream git@gitlab.com:utur2016/content.git") # lisää alkuperäinen upstreamiksi varmuuden vuoksi
system("git fetch upstream") # vedä muutokset alkuperäisestä koneellesi upstream/master
system("git checkout master") # varmistetaan että ollaan masterissa
system("git reset --hard upstream/master") # resetoidaan upstreamin kanssa
system("git push origin master --force") # korvataan gitlab:ssa entinen master tällä uudella

4 Kotitehtävien tekeminen ja muutosten tallentaminen Gitlabiin session päätteksi

Metodi 1 - IDE:n avulla

  1. mene Rstudiossa git välilehdelle ja
    1. klikkaa tiedostot joiden muutokset haluat saada talteen ja klikkaa Commit
    2. kirjoita ruutuun muutoksia kuvaava viesti sekä syy muutoksille ja klikkaa **Commit*
    3. Sitten klikkaa ensin Pull ja anna ssh-salasanasi
    4. Sitten klikkaa Push
  2. Sulje Rstudio tai aloita jo kotitehtävät!

Metodi 2 - koodilla

system('git commit -am "tein kotitehtäviä ja annan tähän runsaan kuvauksen siitä mitä tein, mikä onnistui ja mikä oli vaikeaa"')
system("git pull origin master")
system("git push origin master")

2016 Markus Kainu.

Creative Commons -lisenssi
Tämä teos on lisensoitu Creative Commons Nimeä 4.0 Kansainvälinen -lisenssillä.

Tämä sivusto on tehty R:ssä Rmarkdown-paketin uusimmassa kehitysversion uudella render_site()`-funktiolla, jonka tekee staattisten responsiivisten verkkosivujen tekemisen helpoksi. Katso ohjeet: